Ставропольская НИКЛ была создана 13 ноября 1972 года на базе Ставропольского и Пятигорского филиалов и Элистинской группы экспертов Центральной Северо-Кавказской НИКЛ.
12 декабря 1977 года Ставропольская НИЛСЭ была переименована в Ставропольскую научно-исследовательскую лабораторию судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР.
В 1992 году в связи с военными событиями на Северном Кавказе Грозненская НИЛСЭ прекратила свое существование, её подразделения: Нальчикская группа экспертов и Владикавказская группа экспертов были переданы под руководство Ставропольской НИЛСЭ, которые с 2022 года преобразованы в самостоятельные лаборатории: ФГБУ Владикавказскую ЛСЭ Минюста России и ФГБУ Кабардино-Балкарскую ЛСЭ Минюста России.
17 января 1995 года Ставропольская НИЛСЭ была переименована в Ставропольскую лабораторию судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации.

28 марта 2002 года Ставропольская ЛСЭ Минюста России еще раз переименована в Государственное учреждение Ставропольскую лабораторию судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации, а 31 декабря 2010 года приказом Минюста России ГУ Ставропольская ЛСЭ Минюста России преобразована в Федеральное бюджетное учреждение Северо-Кавказский региональный центр судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации.

ФБУ Северо-Кавказский РЦСЭ Минюста России возглавляет директор Каледин Антон Евгеньевич.

В соответствии с Приказом Минюста России от 30 августа 2021 года №151 в непосредственную территориальную зону экспертного обслуживания
ФБУ Северо-Кавказского РЦСЭ Минюста России входят:
· г. Ставрополь;
· г. Пятигорск;
· Ставропольский край.
ФБУ Северо-Кавказский РЦСЭ Минюста России координирует работу курируемых лабораторий:
ФБУ Дагестанской ЛСЭ Минюста России, ФГБУ Владикавказской ЛСЭ Минюста России,
ФГБУ Кабардино-Балкарской ЛСЭ Минюста России, ФГБУ Карачаево-Черкесской ЛСЭ Минюста России.