Основными целями деятельности ФБУ Дальневосточный РЦСЭ Минюста России являются:
— защита интересов государства, прав и свобод гражданина, прав юридического лица посредством проведения объективных, научно-обоснованных судебных экспертиз и экспертных исследований;
-выполнение роли координирующего судебно-экспертного учреждения в отношении курируемых лабораторий.

ФБУ Дальневосточный РЦСЭ Минюста России осуществляет следующие основные виды деятельности:
— производство судебных экспертиз по уголовным, гражданским, арбитражным делам, по делам об административных правонарушениях и в рамках административного судопроизводства (в случаях, когда в соответствии с законодательством Российской Федерации расходы возмещаются за счет средств федерального бюджета), а также судебных экспертиз при проверке сообщения о преступлении;
— подготовку и аттестацию работников судебно-экспертных учреждений Минюста России по экспертным специальностям в области судебной экспертизы.ФБУ Дальневосточный РЦСЭ Минюста России осуществляет следующие иные виды деятельности:
— экспертные исследования для граждан и юридических лиц;
— консультационные, научно-методические, научно-исследовательские и иные работы с использованием методов и методик, применяемых в судебно-экспертных учреждениях Минюста России в соответствии с Перечнем родов (видов) судебных экспертиз, выполняемых, в судебно-­экспертных учреждениях Минюста России, и Перечнем экспертных специальностей, по которым представляется право самостоятельного производства судебных экспертиз в судебно-экспертных учреждениях Минюста России;
— подготовку работников судебно-экспертных учреждении (служб) иных ведомств, организаций, в том числе зарубежных стран, в соответствии с Перечнем родов (видов) судебных экспертиз, выполняемых в федеральных судебно-экспертных учреждениях Минюста России, и Перечнем экспертных специальностей, по которым представляется право самостоятельного производства судебных экспертиз в федеральных судебно-экспертных учреждениях Минюста России;
— проведение добровольной сертификации компетентности судебных экспертов других государственных органов и негосударственных экспертов, работающих в территориальной сфере экспертного обслуживания Центра;
— проведение добровольной сертификации методическою обеспечения производства судебных экспертиз.